عالم دين شيعي ورئيس مؤسسة الخوئي الخيرية في لندن.
هو ابن المرجع الديني الراحل أبو القاسم الخوئي، قتل في مقام علي ابن أبي طالب ليكون ثاني نجل من أنجال المراجع الذين يُقتلون في النجف.
منذ وفاة أخيه محمد تقي الخوئي وتوليه رعاية المؤسسة تحت ولاية آية الله السيد علي السيستاني بناء على وصية المرجع السيد أبو القاسم الخوئي، أظهر ميلاً إلى الاستقلال عن المرجعية والتفرد والحراك السياسي المختلف عن الأسلوب النجفي والمرجعي عموماً
ولد 1962 في النجف، حيث ترعرع في أحضان والده أبو القاسم الخوئي ووالدته، ونهل من نبعهما الصافي حب الخير والعطاء والعمل الصالح إلى بواكير وعيه الأولى حيث أولاه سماحة المرجع الأعلى أبو القاسم الخوئيإلى جانب أخيه محمد تقي الخوئي الذي اشرف على تدرجه في مراحل الحياة.
يتحدث الخوئي شخصياً عن نشأته وترعرعه أيام الصبا في مدينة النجف في محلة العمارة، وهي محلة مشهورة بالنجف سميت على اسم مدينة العمارة باعتبار ان معظم ساكنيها يتحدرون من العمارة، بينما يقول البعض انها سميت بذلك حين بنيت فيها أول عمارة، وتوسعت المدينة شيئا فشيئا، وكانت المدينة القديمة محاطة بسور عظيم يقال انه كان من أهم الحصون التي حمت الاهالي خلال حربهم ضد الإنكليز عام 1919، وخلال الحصار الشهير الذي فرض على المدينة عندما اغلق اهل النجف بوابة السور ومنعوا الإنكليز من دخولها، السور تهدم الآن بفعل التوسع العمراني وبفعل إلغاء تاريخ المدينة. وكنت قد شهدت اجزاء من هذا السور في أماكن مختلفة من المدينة التي تتقسم إلى اربعة اقسام هي: العمارة والمشراق والبراق والحويش، هذه هي المدينة القديمة.
بدأ دراسته الدينية في سنة 1975، فقرأ العلوم الأدبية والمنطق وبعض المتون الفقهية عند المهرة من أساتذة هذه الحاضرة العلمية النجفية، ويتذكر حينما وضع العمة على رأسه وهو ما يزال ابن خمسة عشر ربيعا ً فيقول: «وضعت العمامة في شهر شباط من عام 1977 وكان عمري خمسة عشر عاما، بعد أن أنهيت دراستي المتوسطة وانتقلت للدراسة في الحوزة العلمية، والحوزة مدارس وليست مدرسة، هي بمثابة جامعة مفتوحة، وليس هناك مكان معين تذهب إليه للدراسة، بل الطالب يدرس على يد أي استاذ يريد، بعد الاتفاق معه على المكان والوقت المعين، وهكذا يتم الاتفاق مع أساتذة عدة وحسب المواد التي يريد ان يدرسها الطالب، مثلا إذا اريد ان ادرس الفقه والنحو ومواد أخرى اتفق مع أساتذة متخصصين في هذه المواد، والطالب لا يدفع اية اجور للاستاذ الذي بدوره لا يتقبل هذه الأجور، المرجع هو الذي يدفع للأساتذة ولبعض الطلبة. وفي الثمانينات صار على الطالب الذي يريد ان يتقاضى الراتب من المرجع ان يجتاز الامتحانات لمعرفة مستواه ومدى جديته بالدراسة، ومقدار الراتب يمنح حسب المرحلة الدراسية، فرواتب مرحلة المقدمات الأولية تختلف عن مرحلة الوسط، وكذلك مرحلة السطوح، أو بحث الخارج، كما ان الحالة الاجتماعية تحدد مقدار الراتب، وهناك أيضا أكثر من مرجع يمنح الرواتب للطالب، أي ان الطالب بإمكانه الاستفادة من راتب هذا المرجع أو ذاك طالما هو مجد في دراسته.
أغتيل أثناء تواجده في مرقد الإمام علي في مدينة النجف في 10 نيسان / أبريل 2003 حيث يعتقد أن أتباع رجل الدين السياسي مقتدى الصدر قاموا باغتياله وذلك بعد يوم واحد من سقوط بغداد. وصدر بعدها أمر من قاض عراقي باعتقال الصدر لكنه لم ينفذ حتى الآن.

Source: ويكيبيدبا،الموسوعة الحرة